Çeçe sineklerinin yaydığı uyku hastalığından korunmak için öncelikle şu üç maddeyi söyleyebiliriz;

1-) Bulaşma kaynağı olan enfekte kişileri tarama muayeneleriyle ortaya çıkarıp karantina altına alarak tedavi etmek,

2-) Virüsleri yayan çeçe sineklerine karşı kalıcı insektisidler vasıtasıyla geniş ölçüde ve sürekli olarak savaşmak,

3-) İnsanlarda koruyucu olarak ilaç uygulamak (Kemoterapi)

Uyku hastalığının tedavisinde; erken dönemde ilaç tedavisi uygulanmaktadır, geç teşhis vakasında ise uzun döneme yayılan kontrollü bir tedavisi vardır.

Çeçe sineklerinin üreme alanlarını kontrol altına alabilmek için çalılıkların temizlenmesi, uçaklarla o bölgelerin böcek ilaçları ile ilaçlanması temel amaçtır. O bölgeye yolculuk yapılacaksa koruyucu ve açık renkli elbiseleri tercih edilmelidir. Uyurken cibinlik veya benzeri yatak koruyucularının kullanması önemlidir. O bölgede bulunan nehir kıyıları ve çalılıklardan uzak durulmalıdır. Sinek öldürücü ilaç ve kremler yararlı olabilir.

Yolcular enfeksiyonun yaygın görüldüğü yerlerdeki riske dikkat etmeli ve çeçe sineğinden uzak durmalıdır. Ancak ısırıklardan korunmak zordur çünkü çeçe sinekleri giysi üzerinden bile ısırabilmektedirler. Çeçe sineklerinin gündüzleri ısırdıkları ve böcek uzaklaştırıcı ürünler tarafından uzaklaştırılamadıkları konusunda yolcular uyarılmalıdır. Isırığın ağrılı olması orijinini tanımlama konusunda yardımcı olur. Eğer semptomlar ortaya çıkmaya başlarsa, acil tıbbi yardım aranmalıdır.